オレは高校生探偵、工藤新一。
幼なじみで同級生の毛利蘭と遊園地に遊びに行って、黒ずくめの男の怪しげな取り引き現場を目撃した。
取り引きを見るのに夢中になっていたオレは、背後から近づいてくるもう一人の仲間に気づかなかった。オレはその男に毒薬を飲まされ、目が覚めたら──体が縮んで子供の姿になっていた!!
工藤新一が生きていると奴等にバレたら、また命を狙われ、周りの人間にも危害が及ぶ。
だからオレは阿笠博士の助言で正体を隠すことにした。
蘭に名前をきかれてとっさに『江戸川コナン』と名乗り、奴等の情報をつかむために、父親が探偵をやっている蘭の家に転がり込んだ。
謎に包まれた黒ずくめの組織。そのメンバーは、ジン、ウォッカ、ベルモット、キャンティ、コルン、バーボン、キール。そして、シェリー。
シェリーの本名は、宮野志保。オレが飲まされた毒薬『APTX4869』を開発した科学者だったが、姉の宮野明美を殺されて、組織に反抗。自らも命を絶とうと、その薬を飲んだところ、体が縮んでしまった。今は『灰原哀』と名前を変え、組織の追跡を逃れながら、組織を追うオレと同じ小学生の生活を、阿笠博士の家に住みながら送っている。
そして黒ずくめの組織を追っているのは、オレだけじゃない。
組織に潜入している公安警察官、バーボンこと降谷零(安室透)。さらに、アメリカ中央情報局CIA、キールこと水無怜奈。そして、アメリカ連邦捜査局FBIのジェイムズ・ブラック、アンドレ・キャメル、ジョディ・スターリング。さらに、赤井秀一。
彼はFBIきっての狙撃の名手だ。今は『沖矢昴』という大学院生に変装し、かつてオレが住んでいた家に身を潜めている──。
小さくなっても頭脳は同じ。迷宮なしの名探偵。真実はいつも一つ!